على الرغم من كون الجماعة الإسلامية تمثل الإخوان الإرهابية في لبنان والتي من المفترض أن تنطلق من قاعدتها السنّي وتحمل همومها في بلد يتميز بحالته الطائفية المؤسسية إلا أنّ الجماعة تتنازعها الولاءات للخارج .
محاولات الولاءات الإخوانية تتم بتعاون لوبي حركة حماس القوي الذي جعل الجماعة تضع مصالح الحركة فوق اعتبارات الوضع اللبناني المأزوم وعلى حساب التعقيدات الكبيرة والانهيار شبه التام في مؤسسات البلاد كافة بعد أعوام طويلة من هيمنة حزب الله على السلطة، وتحويل البلاد إلى ذراع لإيران في المنطقة، يتبع القسم الآخر من الجماعة بتركيا .
وذكرت تقارير لبنانية أن تعدد الولاءات الخارجية للإخوان المسلمين في لبنان على غرار الجماعة الأم في مصر سابقاً وفروع الجماعة في كل الأقطار العربية والإسلامية يوقع الجماعة في تناقض آخر وهو الالتزام بالخطّ العام للسنة في لبنان لكون الجماعة في الأساس من الطائفة السنية اللبنانية ووقعت الجماعة في تناقض وموقف صعب إبان الأزمة الخليجية في عام 2016، وأحد تمثّلات التناقضات التي تعيشها الجماعة.
وطلب قياديون في الجماعة الإخوانية من النائب الوحيد الممثل لهم في البرلمان، عماد الحوت، ضبط تصريحاته السياسية، والالتزام بالخط العام للجماعة الذي يسير في مهادنة مع حزب الله.
يقول باسل الترجمان ، المحلل السياسي اللبناني، إنه رغم خلاف التوجهات السياسية للكيانات السنّية في لبنان التي تعمل على ملء فراغ انسحاب تيار المستقبل من الحياة السياسية في لبنان، إلا أن الجماعة الإسلامية، التي تحمل فكر وأيديولوجيا جماعة الإخوان المسلمين تسير عكس التيار.
وأضاف المحلل السياسي اللبناني أن الإخوان عملت من خلال مخططاتها لتحسين علاقاتها مع حزب الله وبدعم من حماس وذلك لضمان الدعم الإيراني الحيوي، لافتا أن حالة التقارب جعلت الجماعة تعيش حالة من الخلافات الحادة على خلفية الموقف من حزب الله.